私のメインPCはMacなのですが、もちろん？Windowsも使います。
それでイラつくのがマウスホイールの方向。
MacOSでは、ホイールの回す方向はウインドウ内の表示コンテンツの方向と一致しています。すなわちマウスホイールを上向けに回す（向側に押す？感じ）にすると、コンテンツも上にスクロールします。ただし、スクロールバーは下に降りてきます。これはパッドの操作方向とも一致します。
Windowsでは、言うまでもなくマウスのホイールの方向はスクロールバーの動く方向と一致していますが、パッドの操作方向とは逆になります。
なぜこのような違いになっているか知りませんし、どちらかに慣れているもう片方の動きに常に戸惑いイラつくわけです。
Logicoolのマウスだと、全機種かどうかわかりませんが、このスクロール方向を設定できますが、たいていのものはそんなことはできません。なので、どうしてもといえばWindowsをMacに合わせるなら、レジストリの値を変更することになります。
一方、Macのほうは、マウスの設定で簡単にどちらにでもできます。つまりWindowsに慣れている人のためにそういう設定をわざわざ設けてあげているわけですな、エッヘン。＜こらこら、世の多くはWindows使いだから敵に回しちゃいかん＞
ま、ともあれ、これはほとんどスキキライの差、文化の差みたいなもので、どっちが優れているとか良いとかいう話はまったくありません。好きなほうを使えばよろしいということ。
私は自分のPCはWindowsのほうをMac流に変更しているのは言うまでもありません。