2015年3月14日に北陸新幹線が開業し、東京駅から金沢まで一本で行くことが出来るようになりました。私も過去16回の金沢旅行のうち4回は新幹線を使っています。
自宅の場所にも依存するかとは思いますが、どちらも一長一短なのは間違いありません。
私は、朝できるだけ早く金沢に入って初日を有効に使いたいと思っていますので、できるだけ早く行く方法で見てみましょう。飛行機の場合はJAL（私がJAL愛用なので）とします。
東京駅から北陸新幹線を使う
耀き501号は、東京駅を6時16分に出発し、金沢駅に8時46分に到着します。飛行機と違って待ち時間のロスが少ないのがメリットです。最遅6時に東京駅につけばよろしい。
羽田からJALを使う
本日（6月1日）のJALの1番速いのは、羽田空港出発7時55分、小松空港到着8時55分です。しかし、ここからリムジンバスで金沢駅まで向かいます。概ね40分程度かかりますが、飛行機到着後すぐにバスに乗り換えて出発できるわけではないので、経験的には10時前に金沢駅西口に到着します。東京駅を起点にするなら7時55分のJALに乗るには、Yahoo!乗換案内によれば、6時27分東京駅発の京浜東北線に乗れと出てきます。
高速バスを使う
私は使ったことがありませんが、車中泊なので居住性重視を仮定しましょう。3列独立シートで渋谷マークシティを22時45分に出発して、金沢駅に6時丁度につくバスがあります。これにのるには東京駅を22時には出ないといけないでしょう。時間はかかりますが、運賃は一番安い。
どれが？
とにかく節約したいなら高速バス一択。現実に比較できるのは飛行機と新幹線でしょう。どちらも東京駅を6時16分とか6時27分に出ます。しかし到着時間は1時間新幹線が早いです。
新幹線は6月1日の場合、片道13,920円、往復27,840円。ただし、モバイルSuica（Apple Pay Suicaも含む）でスーパーモバイルSuica特急券（スーパーモバトク）なら片道12,040円、往復24,080円です。これ、スーパーモバトクを使わない手はないですよね。
JALならどうか。6月1日出発で6月3日帰着とします。正規運賃普通席で24,890円ですが、北鉄バスのリムジン往復2,260円と東京駅から浜松町経由羽田空港までの往復637円☓2で1,274円、合計28,424円と、もう新幹線より高いですね。ただし、往復割引にすれば25,924円と新幹線正規運賃よりは安くスーパーモバトクよりは高いという微妙なところになります。
あとは、金沢到着が1時間違うということ。
9時に金沢駅到着というのは、その日がほぼ丸一日使えます。経験的には10時着とは1時間の差ですが、気持ちは2時間くらい得した感じになります。
ただしJALやANAのマイレージが使えるならJALやANAでいいと思います。そうでないなら新幹線のほうがはっきり言って楽ですしセキュリティチェックの面倒さや荷物の厳しい大きさ制限もまあ常識の範囲でありません。飛行機の60分は座っているしかないですが、新幹線であれば歩き回ることも、景色を楽しむことも出来ます。
私の場合は、マイルの手持ちと財布を相談して決めています。